La Junta Universitaria se creó el 29 de noviembre de 1991, en cumplimiento de la Ley Orgánica Universitaria promulgada por el Congreso del Estado, previa consulta ciudadana y a iniciativa del Ejecutivo Sonorense.
Está conformada por 14 miembros más el rector como miembro ex-oficio. Es un grupo interdisciplinario, con visión integral y de conjunto del sistema educativo y de las necesidades de éste en el plano estatal, nacional e internacional.
Una tercera parte de los miembros de la Junta son distinguidos académicos de la Institución. Otro grupo representa a distintos sectores de la sociedad sonorense, y desde esa perspectiva colaboran con la Universidad.
La parte restante la componen personas vinculadas con la educación superior a nivel nacional y desde sus respectivas posiciones aportan su conocimiento, experiencia y visión de futuro en bien de la Institución.
Este equilibrio ha permitido a la Junta Universitaria trabajar como un equipo unido, en armonía con su reglamento, sin grupos de poder en su interior y con inmunidad total a presiones externas.
El órgano de gobierno tiene plena autonomía para tomar sus decisiones, no sin antes ser receptivo y escuchar, analizar y valorar todas y cada una de las opiniones que surjan de la comunidad universitaria.
Con base en esta normatividad, la Junta Universitaria, y de acuerdo a su propio Reglamento Interno, inicia el Proceso de Nombramiento de Rector lanzando una Convocatoria en la cual establece requisitos, mecanismos y tiempos de participación, y después de la auscultación entre la comunidad universitaria y buscando establecer un juicio de idoneidad académica entre el bien de la Universidad y las características de cada candidato, nombra Rector.
Entre las principales funciones establecidas en la normatividad universitaria se encuentran las siguientes: